来源:互联网 时间:2023-09-25 17:53:44
blast(基本局部比对搜索工具)是一种高效的序列比较程序,被广泛应用于生物信息学领域,可以用于比对不同物种的基因,进行同源性搜索,以及进行序列注释等。
从NCBI官网下载blast软件,选择适合自己操作系统的版本,安装完成后在终端输入blast程序名即可看到blast程序的可选参数。同时也可以安装图形界面gbrowse。
打开gbrowser或命令行输入blast命令,输入要查询的序列,选择对应的数据库和算法,点击运行,等待结果输出。
blast输出的比对结果包括序列匹配度,比对长度,e值,同源性预测,序列注释等,可以根据需要进行选择和筛选。
在blast命令中,可以对比对参数进行设置,如比对阈值,比对算法,最大比对数目等,不同的设置会对比对结果产生不同的影响。
BLAST广泛应用于基因功能预测,序列注释,同源性鉴定等领域,是生物信息学研究的重要工具。
blast软件更新速度较快,新版本中加入了很多新的功能和算法,同时也解决了一些困扰用户的问题,用户需要及时关注blast官网的更新情况。
总之,blast软件是生物信息学的重要工具之一,熟练掌握其使用方法和参数设置对于生物信息学研究会有很大的帮助。